В 1510г. на месте нынешнего Подворья располагался Новый торг.

В 1522 г. в Пскове начался большой мор. Великий князь Василий III  велел “во умилостивление Божиего гнева поставить деревянную церковь”. Так была сооружена первоначальная церковь Покрова Пресвятой Богородицы от Нового торга.

В 1590 г. она сгорела во время пожара, бывшего на торгу. Точное время построения нынешней церкви неизвестно, но первое краткое описание каменной Покровской церкви относится к 1763 г. Она значится двухпрестольной, с одним приделом, с каменной колокольней, на которой висело 6 колоколов. При церкви находилась деревянная “сторожевая” изба для приезжих крестьян и один деревянный “магазин”.
В XIX в. церковь несколько раз перестраивалась. 

В 1936 г. церковь была закрыта и передана “Псковторгу” под склад, а в 1939 г. здесь были
устроены клуб и контора линейно-технического узла. В 1957 г. в связи с расширением улицы Карла Маркса был разобран Южный придел.

В 90-е годы церковь была передана Псковской епархии и являлась храмом Псковского духовного училища. В 1995 г. над входом в церковь в древней нише  была написана фреска с изображением Богоматери “Знамение”, кисти современного иконописца архимандрита Зинона.

По указу правящего архиерея Митрополита Псковского и Порховского Тихона с 3 июня 2019 г. церковь Покрова Пресвятой Богородицы от Торгу является храмом Подворья Псково-Печерского монастыря.