Нынешняя каменная церковь Николы от Торга сооружена в 1676 г. по следующему случаю: в 1676 г. в Пскове был большой пожар, истребивший много храмов, в том числе и церковь Параскевы Пятницы, бывшей на этом месте. В той церкви находился образ Святителя Николая. На этом месте горожане возвели новую каменную церковь Святого Николая, при коей устроили придел в память деревянной церкви Святой Параскевы Пятницы.

В 1786 г. Никольская церковь была приписана к церкви Покрова от Нового Торга.
На западной стороне Никольской церкви высится оригинальная трехъярусная звоница, которую венчает купол с крестом.
В настоящее время в правом приделе располагается конференц-зал и трапезная Подворья, а в левом – библиотека.

По указу правящего архиерея Митрополита Псковского и Порховского Тихона с 3 июня 2019 г. церковь Святого Николая от Торгу является храмом Подворья Псково-Печерского монастыря.